我国电子商务物流的发展存在的问题如下几点：
观念问题
观念陈旧，缺乏现代物流理念是目前电子商务物流发展中存在的最主要的问题。大部分公司对现代物流在提升运输产业水平、推动经济发展和增加经济效益方面作用认识不足。观念的落后导致我国不论是国民经济或公司管理均不重视物流，缺乏规划，投资严重不足，现有的储运被看成物流的全部内容，把电子商务看成单纯的商流运动，认为推行电子商务就是进行（计算机）网络建设和在互联网上订货或者购物，还没有意识到真正的电子商务还应当包括商品使用价值的达成过程，也就是还没有认识到推行电子商务是一个复杂的系统工程。
人才问题
人才短缺，也是我国发展电子商务物流的巨大障碍。从国外发展经验来看，公司发展电子商务要求物流方面的从业人员应当具有一定的物流知识水平和实践经验。国外物流的教育和培训非常发达，形成了比较合理的物流人才教育培训系统。在相当多的大学和学院中设置了物流管理专业，并广泛地为工商管理各专业的学生开设物流课程，部分商业院校还设置了物流方向的研究生课程和学位教育，形成了一定规模的研究生教育系统，并在各国物流行业协会的领导和倡导下，全面开展了物流的职业教育。许多国家的物流从业人员必须接受职业教育，获得从业资格后，才能从事物流和配送方面的工作。相比较而言，我国在物流方面的教育还比较落后，近年来虽有所提升，但是并不能满足电子商务物流快速发展的需求。
物流基础设施滞后
物流基础设施主要包括公路、铁路、港口、机场，以及网络通信基础等。我国物流设施陈旧，利用率不高，运输设备、装卸机械、包装工具、维护保养工具等设备陈旧，功能单一，无法达成机械化、自动化，且工作效率低下，通讯设备及线路、传真设备、计算机及网络设备等信息技术硬件设施缺乏，跟不上电子商务物流的要求。此外，由于物流管理跟不上，造成使用效率低下，使原本陈旧的物流设施更不能满足电子商务的需求。
物流标准不统一
我国物流标准化方面存在的问题严重阻碍了物流信息化的开展，近年来，国家对物流行业的相关标准做了深入研究，也颁布了一系列物流标准，对一些通用性较强的物流设施和装备标准进行了严格制定。然而，物流用语、物流作业、数据传输等一些方面的标准还没有完全统一起来，这就给信息化的达成造成了很大困难,开发人员没有统一的标准,很难达成数据共享和流程的规范。物流作为电子商务的组成部分,在达成信息化时连数据共享和规范流程都不能达成，更谈不上和电子商务的有机结合了。物流是电子商务的重要环节和基本保证,物流的发展跟不上电子商务的发展步伐,已经成为制约电子商务发展的瓶颈,物流公司要努力达成信息化,使自己走上信息化的道路，来适应电子商务的发展要求,而不仅仅是为了信息化而信息化。因此,物流公司在信息化的过程中达成与电子商务的成功接轨显得尤其重要，这就要求物流标准尽快统一起来，给系统开发人员提供有效的设计依据。
针对存在的问题的解决方法
提升全社会对电子商务物流的认识
加强现代电子商务和物流理论的研究，吸收国外的先进的思想、理论和技术，加速我国电子商务物流发展的步伐。同时把电子商务与电子商务物流放在一起进行宣传，电子商务是商业领域的一次革命，把物流提升到竞争战略的地位，把发展社会电子物流系统安排到日程
加速完善电子商务物流法律法规, 开放物流业市场
调整部门区域性和部门性的法规, 制订通过一部全国性的电子商务物流法, 由国务院商务部具体实施, 并建立与交通、通信、海关等相关部门的协调机制, 从而统一全国的电子商务物流市场, 使物流公司在法律环境下平等竞争、有序经营、规范管理。
大力培养物电子商务物流专业人才
中国的电子商务物流人才是关键。培养电子商务物流人才可以通过政府、院校、公司三方共同努力来达成。政府可以制订相关政策, 鼓励、支持大专院校、科研机构面向全国培训师资, 聘请国内外专家授课和到国外实地考察; 大专院校可根据其自身实际情况开设电子商务物流专业, 培养大专、本科甚至研究生等层次的人才, 以满足我国中长期对电子商务物流人才的需求。
加强电子商务物流基础设施建设和合理布局、
国家除了加速对公路、铁路、港口、机场等基础设施建设外, 各物流公司应加强物流中心的建设和科学布局。各地方政府应统筹规划, 正确引导物流公司布局和建设物流中心, 包括物流仓库、配送中心、通信网络基础等。只有科学合理地布局物流中心, 才能提升物流速度和物流效率。
提升科学的电子商务物流管理水平
一是国家有关部门加速制定完善电子商务物流行业标准。制定行业标准应根据国内实际情况结合国际标准来进行。行业标准的制定并推广将有利于全国物流公司科学管理、快速配送传递、对内和对外合作联运及结算、查询、监测等商务活动的进行。
国家与公司共同参与, 共建电子化物流系统
形成全社会的电子化物流系统, 需求政府和公司共同出资, 政府要在高速公路及铁路、航空、信息网络等方面投入大量资金, 以保证交通流和信息流的通畅, 形成一个覆盖全社会的交通网络和信息网络, 为发展电子商务物流提供良好的社会环境。物流公司要投资于现代物流技术, 要通过信息网络和物流网络, 为客户提供快捷的服务, 提升竞争力。