我国物流公司普遍缴纳的税种一般包括营业税、城市维护建设税、房产税、车船税、土地使用税、印花税、教育费附加以及公司所得税。其中，营业税和公司所得税是物流公司缴纳的主要税种。根据北京物流协会对该市物流公司的初步统计，营业税占公司应缴纳税款总金额的60-70%，公司所得税占到20%左右。物流公司缴纳营业税的主要税目主要包括交通运输业和服务业（代理、仓储、装卸及租赁等），税率分别为3%和5%。现在公司所得税的基本税率为25%。
我国现代物流业务尚处在起步阶段，公司盈利水平不高，税负相对较重。有关数据显示，我国物流公司一般毛利率为4%-6%，税后纯利只有1%-3%。另外，在税收方面存在营业税的重复纳税问题，如在物流服务的总包服务、分包操作以及仓储服务外包等情况下都存在重复缴纳营业税的问题。所以，如何合理避税是公司应该考虑的现实问题。
物流行业合理避税的基本方法
税收筹划的思路及方法很多，如充分利用税收便宜政策、充分利用有伸缩性的税收条文等，通过选择最佳投资地点、选择最佳投资产业和行业、选择最佳筹资方式、重组亏损公司、采用合适的资产计价方法和利用关联公司转移定价等，达到合法避税的目的。
物流公司目前缴纳的主要税种是营业税及公司所得税。营业税的税收便宜相对较少。从2005年年底开始，国家税务总局对部分物流公司进行营业税差额纳税试点工作，目前有4批、394家物流企业进入试点范围。由于这些公司的运输和仓储业务收入实行的是差额纳税，从而解决了营业税重复纳税的问题，对其发展发挥了积极作用。积极争取进入试点公司范围，也是合理避税的方法。
如何根据公司的实际情况，针对公司所得税进行纳税筹划是我们考虑的重点。
1、选择筹资方式，优化资本结构
按我国现行税法规定，公司的借款利息支出在一定范围内可在税前列支，而股息支出则只能在公司的税后利润中开支。从税收筹划的角度看，公司适度向银行借款和公司间的相互融资要比公司自身积累资金和向社会筹资优越。特别是当公司获利能力强，负债增加，所得税降低的幅度更大，公司获利更多。
、用好弥补以前年度亏损的所得税政策
税法规定，公司如果出现年度亏损可用下一纳税年度的所得弥补，不足弥补的可逐年延续弥补，但最长不超过五年。盈利公司重组亏损公司，利用亏损公司的亏损来抵消盈利公司的利润，就可以达到税收筹划的目的。
、选择适当的国家进行投资
避税港是跨国公司无不热衷的地方。目前世界上实行低税率的避税港有百慕大、开曼群岛、维京群岛及香港等。
、利用关联公司转移定价
转移定价法是公司避税的基本方法之一，它是指在经济活动中有关联的公司双方为了分摊利润或转移利润而在产品交换和买卖过程中，不是按照市场公平价格，而是根据公司间的共同利益而进行产品定价的方法。采用这种定价方法产品的转让价格可以高于或低于市场公平价格，以达到少纳税或不纳税的目的。 转移定价的避税原则，一般适用于税率有差异的相关联公司。通过转移定价，使税率高的公司部分利润转移到税率低的公司，最终减少两家公司的纳税总额。 这也是在华跨国公司避税的重要方法。
、合理提升职工福利
中小公司私营业主在生产经营过程中，可考虑在不超过计税工资的范畴内适当提升员工工资，为员工办理医疗保险，建立职工养老基金、失业保险基金和职工教育基金等统筹基金，进行公司财产保险和运输保险等等。这些费用可以在成本中列支，同时也能够帮助私营业主调动员工积极性，减少税负，降低经营风险和福利负担。公司能以较低的成本支出赢得良好的综合效益。
、加强日常成本管理
1、加强对发票的管理。发票的名称、内容、日期等均与税收密切相关，要注意发票的合法性、真实性以及开具内容，避免取得虚开、代开、借开发票。
、加强限制性费用与非限制性费用的处理。内资公司发生的工资性支出、业务招待费、广告费、业务宣传费、销售佣金、公益性捐赠支出、仓储物流固定资产改良及修理支出等属规定税法的限制性费用，应尽量向非限制性费用转变。
、选择有利的资产计价方法。对资产存货计价方法的选择、坏帐冲销方法的选择、固定资产折旧方法的选择、无形资产摊销期限的选择等，都会对当期应纳税所得额产生影响。避税的思路是尽量达成延缓纳税的目的，追求资金使用价值，如经税务批准采用固定资产加速折旧法等。
