不一样，物流系统是协助业务处理订单、数据的软件，偏重于电脑办公操作比如记录、整合、打印订单信息，导出各种数据报表；而物流流程是业务运营的模式与过程，偏重于实际的业务执行，例如装卸货，运输、仓储等等。
不过正规的大点的物流公司里，这两者都是互相联系的。系统会根据实际业务需求来开发，实际业务在系统里都可以记录和查询，彼此相辅相成。再举一个例子，像小的物流专线就不一样了，小物流线路、承运货品单一的情况下可以没有物流系统，但是他们肯定有一套自己的模式来运营，也就是物流流程了。
我本身在两种物流公司都做过，所以可以简单的帮你介绍一下，语言的组织可能没有那么专业，希望对你有帮助。
