公司物流成本管理系统有（）等不同的层次，它构成了物流成本管理的基本内容。

B, C, E

解析：

物流成本管理系统有三个层次：
①物流成本核算层，其主要工作包括明确物流成本的构成内容、对物流总成本按一定标准进行分配与归集核算、明确物流成本核算的目的；
②物流成本管理层，在物流成本核算的基础上，采用各种成本管理与管理会计方法，来进行物流成本的管理与控制；
③物流成本效益评估层，指在物流成本核算的基础上，再进行物流系统对公司收益贡献程度的评价，并进行物流系统经济效益的评估。