过去，长江干线同一水域、同一港口由中央和地方两个海事部门共同管理，“中央船中央管，地方船地方管”，政出多门，各自为政，船舶公司无所适从；重复管理，多头收费，海事监管效能和船舶单位利益均受到消极影响。为了深化行政体制改革、加强水上执法监管，1999年国务院制定下发了《水上安全监督管理体制改革实施方案》，要求同一水域、同一港口和同一地区不再重复设立安全监督管理机构，实行“一水一监、一港一监”的垂直管理体制。交通部根据这一要求，于2001年开始推动长江干线水上安全监管体制改革。
2001年12月28日至2005年6月10日，交通部分别与重庆、湖南、湖北、安徽、江西等5省市政府签订了长江干线水上安全监督机构划转交接协议，到今年6月30日，重庆、湖南、湖北、安徽、江西等5省市地方海事部门与长江海事局相互谅解、相互支持，顺利完成了人事(机构)、资产、事权(管辖水域和监管业务)划转移交工作，从地方海事部门划转出来的1700多人已由长江海事局安置妥当，双方还进行了200多处水域划界。
据悉，长江海事局现已设置重庆、三峡、宜昌、荆州、岳阳、武汉、黄石、九江、安庆、芜湖等十个海事分支机构和58个派出机构，实行三级管理。自7月1日始，长江海事局统一管理自重庆九层岩至安徽慈湖口2100公里的长江干线水上安全监督管理和现场执法工作，主要负责对二等以上船舶船员、五等以上“四客一危”(客渡船、客滚船、旅游船、高速船及危险化学品船)重点船舶进行船舶登记、船员发证管理及长江干线上所有船舶的现场管理。