港珠澳大桥的桥隧工程将穿跨伶仃西航道，此深水航道是进出广州港、虎门港、深圳西部港区万吨级以上船舶的唯一航行通道，往来船舶非常繁忙。为了保障船舶安全，4月中下旬，海事部门将开辟伶仃西临时航道工程。
广东海事局称，将全力以赴做好伶仃西临时航道启用前的航标设置、海图改版、航行规定修编工作，确保主体岛隧工程顺利开挖，研究和制定桥区水域高速客船航路调整方案，规范高速客船航路，减少高速客船与施工作业的相互影响等工作。
港珠澳大桥建设水域海面宽阔，船舶航线纵横交错，通航环境复杂。桥区水域日平均船舶流量达4000艘次，穿梭于粤、港、澳及多个岛屿之间的高速客船达500航班／天，是水上交通安全事故频发的敏感区域。广东海事局称，随着大桥建设的推进，在此水域建设大型桥隧工程和修建人工岛加剧了通航环境的复杂性，施工水域的通航秩序及安全环境将面临严峻的考验。
港珠澳大桥2009年12月开工建设，将于2016年底前建成通车