自27日气象部门发布“纳沙”台风预警信号后，深圳海上搜救中心、深圳海事局启动防抗热带气旋应急预案，及时组织、疏导码头和锚地的船舶采取提前离港、选择合适锚位等措施防台，利用VTS、AIS等监控系统，提高船舶动态监管力度，加强对“四客一危”、大型船舶等重点船舶和铜鼓航道等重点区域的监控，统筹安排防台锚地，保证重点船舶防台锚位，并通过电话、传真、网络、手机短信、高频等有效手段，向码头、代理、船舶等各相关单位和部门及时发布台风预警信息。29日上午，所有船舶停止作业，高速客船停航，港口引航服务暂时停止，渔船全部进港避风。
在安排船舶设施防台的同时，海事部门也组织在港防台港作拖轮和三用工作船作为应急救助船，做好应对台风影响期间突发事件的准备。
据深圳海上搜寻救助分中心办公室负责人介绍，“纳沙”是今年到目前为止对深圳市影响最大的一次台风，深圳虽然离台风中心比较远，但受风力影响却非常大。深圳海域东西部海面风力普遍达到7至8级，最高风力达到10级，据现场船艇反馈，海面风浪达到3米高。9月底连续出现三个台风并不多见，现已在西太平洋附近生成的强热带风暴“尼格”有可能在国庆期间对深圳水域造成影响，我局将密切关注，做好国庆期间的水上交通安全监管任务。