运送发票税率6%和9%的区别如下：
1、税率不同
一个是6%，一个是9%。
2、目标不同
一般纳税人供给物流辅佐服务，其运输发票税率是6%；
物流辅佐服务包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、货品运送署理服务、署理报关服务、仓储服务和装卸转移服务的运送发票税率是9%。
扩展材料：
运送发票税率规范
运送发票税额
1、运送发票税额：对增值税一般纳税人外购货品或出售货品(固定资产在外)所付出的运送费用(代垫运费在外)，根据运费结算单据(普通发票)所列运费金额，依11%的扣除率核算进项税额准予扣除，但伴随运费付出的装卸费、保险费等其他杂费不得核算扣除进项税额。
2、运送发票税率
运送发票票面金额除以1+11%后的值，再乘以11%核算出运送发票税额。
货品运送业增值税专用发票(简称运送发票)，一般纳税人税率为11%，也就是说，票面金额包括不含税运费和税额，其间，税额为不含税运费的11%
所以，核算时用公式：票面金额/(1+11%)*11%核算出税额。