商家批量查询快递丢件赔偿通常需要通过与快递公司签订的合同来进行。一般来说，商家可以联系快递公司的客服部门或商务部门，提供丢件的相关信息，如快递单号、丢件时间、丢件物品价值等，然后快递公司会根据合同条款进行赔偿的审核和处理。
另外，一些快递公司也提供线上的投诉和赔偿申请渠道，商家可以登录快递公司的官方网站或使用快递公司的应用程序，通过批量上传丢件信息进行赔偿申请。一般来说，快递公司会要求商家提供丢失物品的价值证明、相关订单信息等文件，以便审核和处理赔偿申请。
总之，具体操作方法可能会因快递公司而异，建议商家直接联系所用快递公司的客服部门或查阅官方网站上的相关信息，以获得详细的赔偿流程和要求。